Baroni, la carriera da allenatore: dalla Juve Primavera al Verona spartiacque

Poi, è arrivata la chiamata del Siena: estate 2007. I toscani bianconeri gli hanno offerto la panchina della squadra Primavera; per lui tre anni intensi con anche un breve tratto da traghettatore in Prima Squadra tra l'ottobre e il novembre 2009 (4 panchine in Serie A con il Siena). Dopo il Siena, è stata la Cremonese a chiamarlo in causa affidandogli la Prima Squadra nel girone A di Serie C. L'esperienza non è stata soddisfacente (esonero già a fine ottobre). La nuova svolta nell'estate 2011, sempre a livello giovanile: la Primavera della Juventus. Un biennio con i bianconeri di Torino, un vero e proprio trampolino di lancio. Due primi posti nei due campionati Primavera senza poi vincere la fase finale, un Torneo di Viareggio e una Coppa Italia Primavera.