Dal 1989 al 1991 veste la maglia del Napoli, condivide lo spogliatoio con Maradona e vince due trofei: la Serie A e la Supercoppa italiana. Di quel biennio Baroni ricorderà molto bene due momenti. Il primo è il gol al Bologna che rappresenta la rete numero 3000 del club campano, il secondo è ben più importante. Nell'ultima giornata della stagione 1989/90 contro la Lazio (già proprio il club da cui arriva in granata) segna il gol che vale lo Scudetto del Napoli. Un momento indimenticabile per lui e per il mondo azzurro. Un anno dopo, invece, i ricordi sono meno felici, visto che contro lo Spartak Mosca sbaglia un rigore che porta il Napoli a uscire dalla Coppa dei Campioni.